Stacja o nazwie metro Stadion Narodowy jest dziś jedyną istniejącą stacją linii M3. W trakcie budowy linii M2 na stacji Stadion przy ul. Sokolej wybudowano od razu dodatkowy peron, który w przyszłości będzie początkiem 3. linii metra. To tu pasażerowie będą przesiadać się na 2. linię metra, by dojechać do centrum (z uwagi na układ torów nie da się skierować pociągów M3 bezpośrednio do centrum).

Stacja o nazwie metro Dworzec Wschodni ma powstać obok dworca o tej samej nazwie, niedaleko ul. Kijowskiej. Będzie to ważny węzeł przesiadkowy na tramwaje.

Stacja o nazwie metro Mińska ma powstać pod ul. Podskarbińską, pomiędzy jej skrzyżowaniami z ul. Mińską a Stanisławowską.

Stacja o nazwie metro Rondo Wiatraczna ma powstać pod wschodnią częścią ronda o tej samej nazwie i pod ul. Grochowską. Będą tu możliwe przesiadki na tramwaje. Stacja ta znajdzie się nad planowanym tu tunelem obwodnicy.

Stacja o nazwie metro Ostrobramska ma powstać pod skrzyżowaniem ul. Ostrobramskiej z ulicami Zamieniecką oraz ul. gen. Augusta Emila Fieldorfa „Nila”. W przyszłości będzie to stacja przesiadkowa na 5. linię metra w Warszawie.

Stacja o nazwie metro Jana Nowaka-Jeziorańskiego ma powstać przy skrzyżowaniu ul. o tej samej nazwie z ul. gen. Augusta Emila Fieldorfa „Nila”.

Stacja o nazwie metro Gocław ma powstać pod skrzyżowaniem ul. gen Augusta Emila Fieldorfa – „Nila” z ul. gen. Bora-Komorowskiego. Będzie to koniec praskiego odcinka M3, dlatego za stacją w stronę Wisły zostanie wybudowana komora z torami odstawczymi do zawracania pociągów. Stacja umożliwi przesiadki na tramwaje.

Stacja o nazwie metro Gościniec ma powstać pod ul. Bananową, niedaleko skrzyżowania z ul. Nadrzeczną. Będzie to pierwsza stacja M3 po lewej stronie Wisły.

Stacja o nazwie metro Siekierki ma powstać niedaleko skrzyżowania al. Polski Walczącej oraz ul. Batalionu AK „Bałtyk”.

Stacja o nazwie metro Czerniaków ma powstać przy skrzyżowaniu ul. Chełmskiej i Czerniakowskiej.

Stacja o nazwie metro Sielce ma powstać w okolicy skrzyżowania ul. Jana III Sobieskiego, Belwederskiej, Chełmskiej i Dolnej. Będzie się tu można przesiąść na tramwaj do Wilanowa.

Stacja o nazwie metro Stary Mokotów ma powstać w pobliżu skrzyżowania ul. Puławskiej i Olkuskiej.

Stacja o nazwie metro Racławicka ma powstać obok stacji M1 o tej samej nazwie, przy skrzyżowaniu ul. Racławickiej i al. Niepodległości.

Stacja o nazwie metro Wyględów ma powstać w okolicach skrzyżowania ul. Racławickiej oraz ul. Wołoskiej.

Stacja o nazwie metro Żwirki i Wigury ma powstać obok stacji PKP o tej samej nazwie, pod ul. Żwirki i Wigury. W przyszłości będzie to stacja przesiadkowa na 4. linię metra w Warszawie.